Di puncak Gunung Kelimutu di Pulau Flores, terdapat tiga danau kawah yang airnya berwarna berbeda-beda dan dapat berubah dari waktu ke waktu. Kadang merah, kadang hijau, kadang biru, kadang hitam. Masyarakat Lio percaya ketiga danau itu adalah tempat peristirahatan jiwa-jiwa orang yang telah meninggal.
Menurut penuturan para tetua, dahulu di kawasan itu hidup seorang raja yang bijaksana bernama Konde Ratu. Ia menjaga ketenteraman kampung-kampung di sekitar gunung. Di antara rakyatnya ada dua orang yang terkenal: Ata Bupu, seorang yang baik hati dan suka menolong, dan Ata Polo, seorang penyihir jahat yang suka memangsa manusia.
Suatu hari, sepasang anak muda yatim piatu bernama Ana Kalo datang kepada Ata Bupu meminta perlindungan. Mereka baru saja kehilangan orang tua dan tak punya tempat bernaung. Ata Bupu menerima mereka dengan tangan terbuka dan menyembunyikan mereka dari Ata Polo yang mencium kedatangan mereka.
Ata Polo datang ke rumah Ata Bupu dan menuntut agar kedua anak itu diserahkan. Ata Bupu menolak. "Mereka di bawah perlindunganku," katanya. "Kau harus melangkahi aku dulu."
Ata Polo tak berani melawan Ata Bupu secara langsung. Ia menunggu, dan diam-diam mengawasi. Ata Bupu tahu Ata Polo tak akan menyerah. Suatu malam, ia membawa kedua anak itu melarikan diri ke puncak gunung. Ata Polo mengejar mereka.
Di puncak Kelimutu, bumi bergetar. Tanah tempat Ata Polo berdiri runtuh dan menelannya ke dalam perut gunung. Dari lubang itu muncul sebuah danau yang airnya merah kehitaman. Ata Bupu, yang telah menunaikan tugasnya, juga menghilang ke dalam bumi, dan di tempatnya muncul danau yang airnya biru jernih. Sedangkan kedua anak yatim itu lenyap dalam sebuah danau yang airnya hijau.
Masyarakat Lio kemudian menamai ketiga danau itu. Tiwu Ata Polo, danau untuk jiwa orang-orang yang semasa hidupnya berbuat jahat. Tiwu Ata Mbupu, danau untuk jiwa para orang tua yang meninggal dengan baik. Dan Tiwu Nuwa Muri Koo Fai, danau untuk jiwa para muda-mudi.
Hingga kini, setiap tahun masyarakat Lio menggelar upacara adat untuk memberi makan para leluhur di tepi danau. Legenda Kelimutu mengajarkan bahwa setiap perbuatan di dunia akan menentukan ke mana jiwa kita berpulang.
