Di sebuah desa di Jepang, hiduplah sepasang kakek dan nenek yang sudah lama mendambakan seorang anak. Setiap hari mereka berdoa di kuil. Akhirnya doa mereka dikabulkan. Sang nenek melahirkan seorang bayi laki-laki. Tetapi bayi itu sangat kecil, hanya sebesar ibu jari.
Mereka menamainya Issun-boshi, anak sejengkal. Bertahun-tahun berlalu, tetapi Issun-boshi tak pernah tumbuh lebih besar. Meski begitu, ia sangat cerdas, pemberani, dan penuh semangat.
Ketika Issun-boshi berusia lima belas tahun, ia berkata kepada kedua orang tuanya, "Ayah, Ibu, aku ingin pergi ke ibu kota Kyoto. Aku ingin menjadi samurai."
Orang tuanya khawatir, tetapi mereka tahu tekadnya sudah bulat. Nenek memberinya sebatang jarum jahit sebagai pedang, dengan sarung dari sebatang jerami. Kakek memberinya sebuah mangkuk nasi sebagai perahu dan sepasang sumpit sebagai dayung.
Issun-boshi berlayar dengan mangkuk nasinya menyusuri sungai hingga tiba di Kyoto. Ia pergi ke rumah seorang bangsawan kaya dan menawarkan diri untuk bekerja. Sang bangsawan tertawa melihat samurai sekecil itu, tetapi ia terkesan oleh keberanian dan kecerdasan Issun-boshi. Ia pun menerimanya bekerja, dan Issun-boshi menjadi teman setia putri sang bangsawan.
Suatu hari, Issun-boshi mengawal sang putri pergi ke kuil. Di tengah jalan, dua ekor oni, raksasa bertanduk yang jahat, muncul dan hendak menculik sang putri. Issun-boshi melompat ke depan. "Berhenti! Aku Issun-boshi, pengawal sang putri!"
Oni itu tertawa terbahak-bahak dan langsung menangkap Issun-boshi lalu menelannya bulat-bulat. Tetapi di dalam perut oni, Issun-boshi menghunus pedang jarumnya dan mulai menusuk-nusuk perut oni itu dari dalam. Oni itu menjerit kesakitan dan berguling-guling, lalu memuntahkan Issun-boshi. Oni kedua ketakutan. Issun-boshi melompat ke hidungnya dan menusuk-nusuk matanya. Kedua oni itu lari terbirit-birit, meninggalkan sebuah palu kecil ajaib.
"Ini uchide no kozuchi, palu keberuntungan," kata sang putri. "Kalau diayunkan sambil mengucapkan keinginan, keinginan itu akan terkabul."
Issun-boshi berpikir sejenak. "Aku ingin menjadi lebih besar." Sang putri mengayunkan palu itu sambil berkata, "Tumbuhlah besar, tumbuhlah besar!" Setiap kali palu diayunkan, Issun-boshi tumbuh lebih tinggi, hingga akhirnya ia menjadi seorang pemuda yang gagah.
Issun-boshi menikah dengan sang putri. Ia menjemput kedua orang tuanya ke Kyoto, dan mereka hidup bahagia bersama. Kisah Issun-boshi mengajarkan anak-anak Jepang bahwa keberanian tak diukur dari ukuran tubuh, dan bahwa semangat yang besar bisa mengalahkan rintangan yang paling menakutkan.